يتناول كتاب هداية الحيارى في أجوبة اليهود والنصارى عددا من الموضوعات المهمة أبرزها مناظرة ابن القيم الجوزية لأحد كبار اليهود وحديث سهلى مولى عثمة النصراني وخبر الحجر الذي وجد في قبر دانيال ودفع اليهود والنصارى لها استكبارا، كما أنه تناول تبديل التوراة وخرافة الفداء وأخبار اليهود والنصارى عن عيسى ونسبه، وغباوة اليهود ونقضهم للعهود وتحريفهم وحسدهم وأخير إشراق الأرض بالنبوة وظلمتها بفقدها.